微生物多樣性分析北京億鳴復興生物科技

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技術服務信息

服務名稱:微生物多樣性分析
服務類別:微生物學服務 - 微生物鑒定服務
價格:詢價
允許參觀:協商決定
所在區域:北京.
更新時間:2020/4/22 14:12:00
瀏覽人數:1583
誠信指數:63點
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使用范圍:僅限科研使用,不能應用于臨床
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北京億鳴復興生物科技
地址:
北京市海淀區世寧大廈
郵編:
100191
電話:
010-62895234/18611436905
傳真:
010-62895234
聯系人:
曲經理
所在區域:
北京·
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技術服務詳細描述

      環境微生物多樣性檢 測,是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究,通過對核糖體RNA高變區域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)進行 PCR擴增和測序,然后分析相應環境下微生物群落的多樣性和分布規律,對于研究微生物與環境的關系、環境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現實意義。

      克隆文庫分析:
      PCR方法擴增特定環境樣品中細菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS,使用TA克隆方法構建克隆文庫,挑選陽性克隆測定基因序列,并與GenBank中已知序列進行同源性比較,獲得特定環境中的微生物群落結構和多樣性信息。
     T-RFLP末端限制性酶切片段分析:
      PCR方法擴增特定環境樣品中細菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS,采用T-RFLP限制性內切酶對擴增產物進行限制性酶切,利用DNA分析 儀分析末端限制性酶切片段,獲得末端限制性酶切片段長度,峰高及面積等信息,PAT數據庫分析比對獲得特定環境中的微生物群落結構及多樣性信息。
     DGGE變性梯度凝膠電泳分析:
     PCR方法擴增特定環境樣品中細菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS,通過變性梯度凝膠電泳分析環境樣品中微生物菌群落結構;將凝膠電泳條帶回收后克隆測序,確定微生物種屬關系,獲得特定樣品中的微生物多樣性信息。

      高通量測序MiSeq分析:
     采用第二代高通量測序平臺MiSeq,對核糖體RNA高變區域,比如16SrDNA/18SrDNA/ITS等序列,或功能基因,比如細菌和古菌的氨氧化酶基因進行測序,揭示環境樣品中眾多不同類型微生物種屬關系,獲得特定樣本中的微生物多樣性信息。


    
      DGGE變性梯度凝膠電泳

      變性梯度凝膠電泳是 將DNA置于雙重變性條件(溫度和變性劑)下進行SDS-PAGE電泳的一種分析方法。當一雙鏈DNA片段通過一變性劑濃度呈梯度增加的凝膠時,此片段遷 移至某一點變性劑濃度恰好相當于此段DNA的低熔點區的Tm值,開始解鏈,而高熔點區仍為雙鏈。這種局部解鏈的DNA分子遷移率發生改變,從而達到分離的 效果。

      然而,一旦溫度(或 變性劑濃度)達到DNA片段最高的解鏈區域熔解溫度時,DNA片段會完全解鏈,成為單鏈DNA分子,此時它們又能在膠中繼續遷移。因此,如果不同DNA片 段的序列差異發生在最高的解鏈區域時,這些片段就不能被區分開來。在DNA片段的一端加入一段富含GC的DNA片段(GC夾子:一般30-50個GC堿基 對),能夠保證DNA片段最高解鏈區域在GC夾子處,它的高解鏈溫度可以防止DNA片段在DGGE膠中完全解鏈。

      Tm的改變依賴于DNA序列,加了GC夾子后,DNA片段中基本上每個堿基處的序列差異都能被區分開。因此,理論上DGGE可以檢測DNA分子中的任何一種單堿基的替代、移碼以及缺失。


 

 
 

      采用特異性擴增引物擴增特定環境樣品中細菌16SrDNA、真菌18SrDNA/ITS或功能基因DNA,通過變性梯度凝膠電泳分析環境樣品中微生物菌群落結構;將凝膠電泳條帶回收后克隆測序,確定微生物種屬關系,獲得特定樣品中的微生物多樣性信息。

      您獲得的DGGE數據結果包括:

 

 
      如果您需要進行其他數據分析,請提供相應數據分析相關文獻。


      MiSeq高通量測序
      采用第二代高通量測序平臺MiSeq,對核糖體RNA高變區域,比如16SrDNA/18SrDNA/ITS等序列,或功能基因,比如細菌和古菌的氨氧化酶基因進行測序,揭示環境樣品中眾多不同類型微生物種屬關系,獲得特定樣本中的微生物多樣性信息。

MiSeq 測序儀具有樣品制備迅速、測序時間快(8小時內)、測序總長長的特點,能 在短時間內獲得高質量測序結果。同時,Miseq測序儀整合了簇生成、SBS測序和完整的數據分析,而不再需要配置輔助性硬件。每次反應可以產生6G以上 的數據,測序讀長可達到2×250bp,使每個樣品的測序量達到普通測序的幾百倍,而單條序列的測序費用遠低于普通測序;谝陨咸攸c,Miseq逐步被 廣泛應用于環境微生物多樣性研究。


     
      根據客戶提供的樣本(環境樣本、基因組DNA、PCR產物)及需要檢測的微生物多樣性類型(細菌、古菌、真菌、功能基因),利用Miseq測序平臺對目的片段進行高通量測序,并對測序結果進行生物信息學的分析。

檢測樣品:
樣品種類:土壤、海洋、污泥、動物腸道、水樣等;
樣品形式:環境樣品、基因組DNA、PCR產物;
檢測種類:細菌、真菌、古菌、功能基因等。
樣品要求:
1.樣品類型:DNA或PCR產物
2.樣品量:≥500ng或≥100ng
3.樣品濃度:≥10ng/μL或≥5ng/μL
4.樣品純度:OD260/280=1.8-2.0,無降解5.樣品切忌反復凍融,冰袋或干冰運輸。

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